El Directorio del INYM está integrado por representantes de los Gobiernos de la Nación, y de las provincias de Misiones y Corrientes; y de los sectores Cooperativo, Industria, Trabajadores Rurales, Secaderos y Producción. Su composición se renueva cada dos años, según lo establece el articulado de la Ley 25.564, de creación y funcionamiento del INYM.
